一般不需要签补充协议的。工程结算审计额超过中标价是正常的事，超过的原因设计变更、施工现场签证款、工程结算制度的调整。
上述涉及哪个部分就把哪个资料后附在结算文件的后面，所谓的补交资料就是这些，这样的情况不用签补协议。
如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。签订合同之后，发现内容还需补充的，可以拟定合同补充协议 。
合同补充协议的拟定需要注意是双方当事人的基本信息需全面具体；说明拟定补充协议的原因；协议补充的内容或变更的内容。
参考资料来源：百度百科-施工管理
法律分析：工程变更超过合同价10%不需要重新进行招投标。不超过10%的可作为签证、增加、变更工程，超过10%的亦不用再进行招标，只需与原施工单位签订补充协议就可，前提是前施工单位够施工资质，而甲方又同意对方的报价。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第五百一十条 合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
第五百一十一条 当事人就有关合同内容约定不明确，依据前条规定仍不能确定的，适用下列规定：（一）质量要求不明确的，按照强制性国家标准履行；没有强制性国家标准的，按照推荐性国家标准履行；没有推荐性国家标准的，按照行业标准履行；没有国家标准、行业标准的，按照通常标准或者符合合同目的的特定标准履行。（二）价款或者报酬不明确的，按照订立合同时履行地的市场价格履行；依法应当执行政府定价或者政府指导价的，依照规定履行。（三）履行地点不明确，给付货币的，在接受货币一方所在地履行；交付不动产的，在不动产所在地履行；其他标的，在履行义务一方所在地履行。（四）履行期限不明确的，债务人可以随时履行，债权人也可以随时请求履行，但是应当给对方必要的准备时间。（五）履行方式不明确的，按照有利于实现合同目的的方式履行。（六）履行费用的负担不明确的，由履行义务一方负担；因债权人原因增加的履行费用，由债权人负担。
补充协议是指当事人对于合同中的内容没有约定或者约定不明确的，而达成的协议。
法律分析
“补充协议”的内容应当是主合同的非主要内容，也可以说是非主要条款。如果是主合同的主要条款没有约定或者约定不明确，主合同不成立也不生效，那么谈不上“协议补充”。根据法律法规的规定，影响主合同成立的必备条款有三：即当事人条款、标的条款和数量条款。这些条款没有约定或者约定不明确，主合同不成立。主合同不成立，谈不到生效，更谈不上履行。此时，“补充协议”没有存在的前提。当事人对没有约定或者约定不明确的必备条款达成的协议，不是“补充协议”而是一个“新协议”，对“新协议”中的非主要条款没有约定或者约定不明确的，才有“补充协议”存在的前提和基础。根据相关法律规定，“补充协议”是对主合同中没有约定或者约定不明确事项补充的首选方式，即当事人对于主合同中的上述内容没有约定或者约定不明确的，法律首先赋予当事人“协议补充”。只有不能达成“补充协议”，才能按照主合同条款进行体系解释或者按照当事人之间的交易习惯进行补充。
法律依据
《中华人民共和国民法典》
第五百一十条 合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
五百一十一条 当事人就有关合同内容约定不明确，依据前条规定仍不能确定的，适用下列规定：（一）质量要求不明确的，按照强制性国家标准履行；没有强制性国家标准的，按照推荐性国家标准履行；没有推荐性国家标准的，按照行业标准履行；没有国家标准、行业标准的，按照通常标准或者符合合同目的的特定标准履行。（二）价款或者报酬不明确的，按照订立合同时履行地的市场价格履行；依法应当执行政府定价或者政府指导价的，依照规定履行。（三）履行地点不明确，给付货币的，在接受货币一方所在地履行；交付不动产的，在不动产所在地履行；其他标的，在履行义务一方所在地履行。（四）履行期限不明确的，债务人可以随时履行，债权人也可以随时请求履行，但是应当给对方必要的准备时间。（五）履行方式不明确的，按照有利于实现合同目的的方式履行。（六）履行费用的负担不明确的，由履行义务一方负担；因债权人原因增加的履行费用，由债权人负担。
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