根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)第五条规定,房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税,应视同按国家统一规定交纳的有关费用,计入取得土地使用权所支付的金额中扣除。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税[2006]21号)文件星空条规定:“纳税人转让旧房及建筑物,凡不能取得评估价格,但能提供购房发票的,经当地税务部门确认,《条例》第六条第(一)、(三)项规定的扣除项目的金额,可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税,凡能提供契税完税凭证的,准予作为”与转让房地产有关的税金“予以扣除,但不作为加计5%的基数。对于转让旧房及建筑物,既没有评估价格,又不能提供购房发票的,地方税务机关可以根据《税收征收管理法》(以下简称《税收征管法》)第三十五条的规定,实行核定征收。“根据上述规定,单位转让旧房,首先要取得评估价格,评估价格中应当包括了购置旧房时缴纳的契税的,因此不应再予以扣除,如果不能取得评估价格,则按财税[2006]21号文件星空条相关规定进行处理。